污染地下水的微生物类污染物包括细菌、病毒和寄生虫等，以前两种为主。由于病毒比细菌、原生动物包囊小的多，在通过多孔土壤时不易被过滤净化，而随水分迁移进入土壤深层和地下水系统的可能性较大，因此，地下水资源的病毒污染已引起各国科学家的高度关注。田间试验发现，一些肠道病毒能通过迁移穿过非饱和及饱和带到达深层土壤，进而影响地下水。有研究也对细菌及病毒对地下水的影响进行监测，以期对该影响作出定量评价。